Основной аэропорт страны находится в Панама-Сити, он называется Токумен. Добраться до Панамы из России (Москвы и Санкт-Петербурга) можно на регулярных авиарейсах с пересадкой в одном из европейских городов. Авиакомпания Iberia летает в Панама-Сити с пересадкой в Мадриде (из Москвы по средам, пятницам субботам, воскресеньям), KLM - с пересадкой в Амстердаме (ежедневно), Lufthansa - с пересадкой во Франкфурте (по четвергам из Франкфурта в Панама-Сити, по пятницам обратно). В Панаму регулярно летают рейсы из основных городов США и Канады, а также из стран Латинской Америки: Мексики, Кубы, Доминиканы, Венесуэлы, Бразилии, Аргентины, Чили, Перу, Коста-Рики, Никарагуа, Сальвадора, Гватемалы, Гондураса.
До популярных курортов страны можно добраться на местных авиалиниях, автомобиле/автобусе, или пароме/лодке.