Главный аэропорт Патагонии находится в городе Пунта Аренас. Перелет до него из столицы Чили занимает около 3 с половиной часов. Далее, в зависимости от типа выбранной программы, может осуществляться трансфер до города Пуэрто Наталес или непосредственно до Национального парка Торрес дель Пайне.
Чтобы попасть на самую крайнюю точку Южной Америки, необходимо осуществить перелет из Пунта Аренаса до города Пуэрто Вильямс.
Путешествие по северным территориям Чилийской Патагонии начинается с перелета до города Бальмаседа.
Авиакомпания Lan Chile осуществляет рейсы из Сантьяго каждый день.
